En el año 1987 se suscribió un convenio entre el gobierno de la Provincia de Misiones y la C.E.L.O. en el cual se hizo constar, que una vez finalizada la obra de desagües cloacales de la ciudad de Oberá, la Cooperativa asumía la responsabilidad de operación, mantenimiento y administración de este servicio. La Planta de Tratamientos de afluentes Cloacales se encuentra instalada en un predio de siete hectáreas, ubicado en la zona de confluencia de los Arroyos Mbotaby y Tuichá, los cuales reciben los líquidos que son tratados en la misma. El 4 de octubre de 1993 se inician las primeras pruebas de funcionamiento de la Planta, siendo esta inaugurada oficialmente el 10 de noviembre de ese mismo año.

A la Planta depuradora llegan los líquidos residuales provenientes de cocinas, baños y lavaderos, como así también de establecimientos industriales y camiones atmosféricos que recolectan material proveniente de almacenamientos externos para luego volcarlos en ella. El tratamiento consiste en transportar y concentrar los desechos cloacales con el fin de evitar la contaminación ambiental. La Planta Depuradora de la CELO es una de las únicas plantas en el país que cuenta con un sistema de tratamiento de barros activados con aireación extendida, un proceso de tipo biológico que recrea las condiciones naturales que ocurren en los cursos de agua, trasformando la materia orgánica en sustancias más simples para que no dañan al ecosistema.

En el proceso, se distinguen muy bien tres etapas:
Pre-tratamiento: consiste en detener por medio de una cámara de rejas el material sólido que no puede tratarse como trapos, preservativos, toallas higiénicas, plásticos, residuos en general que llegan a través de las cañerías y, mediante el desarenador, detener también el material inorgánico: arenas, tierra y piedras. Tratamiento Secundario: En esta etapa se transforma la materia biodegradable en sustancias más simples y agua. Bacterias aeróbicas a las cuales se les brinda "comida" (líquidos residuales), oxígeno a través de aireadores y temperatura adecuada, realizan su trabajo de transformación de la materia orgánica. Una vez transformada, la materia se separa en dos fases: líquido y sólido en el sedimentador secundario. Desinfección del líquido clarificado: En esta última etapa, a este líquido se le agrega hipoclorito de sodio en dosis convenientes y los sólidos obtenidos del sedimentador secundario son secados en playas que tienen filtros de arena y grava para su posterior uso como abono o enmienda orgánica.

En la Planta de Saneamiento, también funcionan, desde 1991 un Laboratorio de Análisis fisicoquímico y bacteriológico propio de la Cooperativa el cual se encarga de realizar los rigurosos controles de calidad para que la Cooperativa pueda cumplir con los requerimientos establecidos por el CAA (Código Alimentario Argentino) y el EPRAC (Ente Provincial Regulador de Agua y Cloacas), asegurando la aptitud para el tratamiento, tanto del agua potable, como de los efluentes. En el mismo lugar funciona, desde 1999, una Estación Meteorológica. Con asesoramiento del INTA, Personal de la Cooperativa, toma todos estos datos y los remite a la Estación del INTA, en Cerro Azul, donde los procesan y publican en un Boletín Mensual.